Open Research Skills
让科研材料成为清楚的论证、可编辑的图件和可复用的成果。
科研绘图 · 顶会论文 · 期刊论文 · 基金 proposal · 科研全流程
选择 skill · 专项任务与打磨 · 快速开始 · 绘图 · 会议论文 · 期刊论文 · 基金 · 研究工作流 · 对照评测
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这是一个面向日常科研的 agent skill 工具箱。十个完整 skill 在一个仓库中维护，每个都能单独安装、独立使用。您可以从一张图、一段 Results 或一个研究问题开始，不必先启动整套研究流程。
两行装上
Claude Code —— 十个一次装齐，装完用 /open-research-skills:<skill-name> 调用：
claude plugin marketplace add gxCaesar/open-research-skills
claude plugin install open-research-skills@open-research-skills
Codex（$HOME/.agents/skills/ 也是 Antigravity CLI 的项目级目录名）：
git clone https://github.com/gxCaesar/open-research-skills.git
cd open-research-skills && bash scripts/install_skills.sh "$HOME/.agents/skills"
只装其中一两个、或换其他 runtime，见快速开始。
装上之后能得到什么
上：Nature 风格机制图。下：顶会风格模型架构图。先用 GPT 图像生成探索构图，再复刻为原生 PPTX 对象。 这里展示的是导出预览；下载 PPTX 后可直接修改文字、细胞轮廓、矩阵、连线和模块位置，也提供矢量 PDF 与 SVG。 两图都是教学示意，不代表真实实验结果。 机制图 PPTX · 架构图 PPTX · 下载矢量文件与学习修改
一次真实调用长这样：
使用 build-scientific-visualizations。按 notes/method.md 画方法架构图，
两栏宽，导出可编辑 PPTX 和矢量 PDF。
论文、基金和整条研究流程同理：说清材料在哪、这次要交付什么、允许改到什么程度。
选择您这次需要的 skill
总览图 PPTX · English PPTX · 图件学习说明
| 您现在的任务 | 入口 | 典型交付 |
|---|---|---|
| 把方法、机制或多组学结果画清楚 | 科研绘图 | 可编辑架构图、多面板图、矢量文件与 legend |
| 从材料成稿，或修改顶会论文 | 会议论文 | 论文与附录、结果论证、rebuttal、camera-ready |
| 组织期刊论文与投稿、修回材料 | 期刊论文 | 稿件、图注、数据声明、cover letter、审稿回复 |
| 准备研究基金申请材料 | 基金 proposal | 科学问题、证据需求、研究内容、章节 brief、审阅建议 |
| 判断课题并推进实验、成稿与交付 | 研究工作流 | 可行性判断、比较结果、下一步实验与复现材料 |
| 判断研究方向是否值得开展 | 调研与新颖性审计 | 数据可行性、新颖性与 venue fit 的独立判断 |
| 方法仍落后于基线，决定下一步改哪里 | 方法迭代到 SOTA | 可测提升空间、误差分层、候选机制与对照结果 |
| 投稿前审查自己的论文 | 冷审 panel | 独立视角的问题清单、证据位置与修改优先级 |
| 受邀评审别人的投稿 | 受邀审稿 | 保密边界、审稿意见与返修轮对齐 |
| 发布代码与数据 | 代码与数据发布 | 可分发代码包、运行说明、数据入口与验证结果 |
按本次要交付的东西选择即可。论文 skill 能独立处理论文需要的图件，研究工作流能独立组织成稿；专门的绘图 skill 提供更丰富的设计支持，但不是其他 skill 的强制依赖。
教程以 AI 与生物研究为主，覆盖单细胞、扰动预测和空间多组学；组织材料、科学写作和交付方法也可迁移到其他领域。下文说明十项能力怎样用于真实科研，十份独立中文手册进一步展开材料准备、逐阶段操作、调用示例和交付检查。绘图提供可编辑成品；小型教学脚本作为可选练习，不代表完整科研能力或真实实验效果。
专项任务与打磨：不用从完整流程开始
下面既有可独立使用的 skill，也有现有 skill 内的局部任务。按表中的入口调用，说明材料位置、目标与允许修改的范围。
| 这次只想做什么 | 使用入口与操作说明 | 主要交付 |
|---|---|---|
| 检查标题、起草或压缩摘要 | 会议或期刊 skill 的摘要组件：会议／期刊 | 标题建议、摘要或只读诊断，按适用要求核对字数与主张 |
| 打磨一节，或继续下一节 | polish：会议逐节流程／期刊逐节流程 |
本节修订、实际检查结果、完成状态与下一节位置 |
| 审查并打磨全文、整理终稿 | 会议全稿流程／期刊修订与交付 | 范围内完整修订、跨文件核对、可阅读稿与本地候选包 |
| 只审稿，不改原文 | 会议或期刊 skill 的 audit：会议／期刊 |
有位置、证据、影响和最小修正建议的问题清单 |
| 核查统计表述、图注与引用 | 会议或期刊 skill，明确指定这些材料 | 来源与分母核对、表述修订或待解决问题，不重新选择分析 |
| 精修已有图件 | 绘图 skill 的局部修改与精修 | 可编辑修订、前后渲染比较与所需导出 |
| 深读一篇论文 | 工作流 survey 的单篇深读 |
问题、方法、实验、证据位置和限制的 Paper Card |
| 打不过基线，决定下一步改哪里 | 方法迭代到 SOTA | 实测 headroom 与噪声底、误差分层表、一次一个组件加可 void 对照的结果 |
| 判断一个方向还开不开着 | 调研与新颖性审计 | 贡献车道、变量共存计数表、分开记录的撞车／可行性／venue 判词与击杀层 |
| 投稿前让没看过项目的人挑毛病 | 冷审 panel | 可核验的隔离清单、逐视角发现、真跑过 artifact 的记录与裁决排序 |
| 受邀评审别人的投稿 | 受邀审稿 | 保密边界判断、编辑可执行的意见、严重度标定与返修轮对齐表 |
| 打一个匿名或可引用的代码数据包 | 代码与数据发布 | 白名单文件清单、暂存树身份扫描、成品包内的验证运行记录 |
| 从一组论文学习写作与图件组织 | 工作流 survey 的论文集合分析 |
带出处的 Results 组织、图序、图注与主补安排观察 |
| 审阅基金原稿或组织研究方案 | 基金 proposal 手册 | 论证问题、带注释的章节 brief、政策允许范围内的图件协助 |
单节、逐节与全文任务的边界不同。 “只改 Results”到该节完成为止；“继续下一节”先读取已有进度和当前稿件；明确要求逐节完成全文时，可以在授权范围内连续推进。单节检查通过不等于整稿完成，全部目标章节完成后还需核对跨节与主补材料的一致性。只读审查不自动转成修改。
快速开始
1. 获取仓库，找到本次任务的手册
git clone https://github.com/gxCaesar/open-research-skills.git
cd open-research-skills
不想先配置 agent？可以先阅读手册或打开成品：
- 想看图件：空间多组学复合图。
- 想写论文：会议论文使用手册或期刊论文使用手册。
- 想推进课题：从研究问题到发表的完整手册。
- 想立即运行：扰动预测教学比较，只需 Python 标准库。
2. 安装一个完整 skill
下面用绘图 skill 和仓库旁的 research-demo 练习项目演示。在仓库根目录执行；已有科研项目时，将 RESEARCH_PROJECT 改为那个项目的实际路径。
RESEARCH_PROJECT="$PWD/../research-demo"
SKILL_NAME=build-scientific-visualizations
SKILL_DEST="$RESEARCH_PROJECT/.agents/skills"
mkdir -p "$SKILL_DEST"
if test -e "$SKILL_DEST/$SKILL_NAME" || test -L "$SKILL_DEST/$SKILL_NAME"; then
echo "目标已存在，未覆盖；请先保留并比较本地修改。"
else
cp -R "skills/$SKILL_NAME" "$SKILL_DEST/"
fi
test -f "$SKILL_DEST/$SKILL_NAME/SKILL.md"
上面是 Codex 与 Antigravity CLI 的项目级安装 —— .agents/skills/ 是这两个 runtime 共用的
项目级目录名，一份拷贝两边都读得到。（全局级不共用：Codex 是 $HOME/.agents/skills/，
Antigravity CLI 是 $HOME/.gemini/antigravity-cli/skills/。）使用 Claude Code 时，把 SKILL_DEST 那行换成
SKILL_DEST="$RESEARCH_PROJECT/.claude/skills"，再执行后面的复制步骤。
Claude Code 可以两行装齐十个，不必逐个复制目录：
claude plugin marketplace add gxCaesar/open-research-skills
claude plugin install open-research-skills@open-research-skills
仓库同时是 marketplace 和 plugin 本身，所以两条命令指向同一个名字。
装完怎么调用。 插件安装的 skill 是带命名空间的，形式为 /open-research-skills:<skill-name>，
例如 /open-research-skills:build-scientific-visualizations。命名空间不是装饰：它意味着
即使您自己的 $HOME/.claude/skills/ 里已经有同名 skill，两个也会同时加载、互不覆盖 ——
不必为了装这个仓库去改名或删掉您自己的那份。直接用自然语言点名 skill 同样有效。
3. 各 runtime 的安装与更新
| Runtime | 安装 | 更新 |
|---|---|---|
| Claude Code（插件，推荐） | 上面两行 | claude plugin marketplace update open-research-skills，再 claude plugin update open-research-skills@open-research-skills（需重启生效） |
| Claude Code（只装其中一两个） | 复制到 .claude/skills/ 或 $HOME/.claude/skills/ |
git pull 后重新复制 |
| Codex | 复制到 .agents/skills/ 或 $HOME/.agents/skills/ |
git pull 后重新复制 |
Antigravity CLI（agy，Gemini CLI 的继任者） |
项目级同上 .agents/skills/；全局级复制到 $HOME/.gemini/antigravity-cli/skills/ |
git pull 后重新复制 |
| 其他 runtime（含由 DeepSeek 等模型驱动的 harness） | 每个 skill 都是自足目录：把 skills/<name>/ 整个复制到该 harness 读取 skill 或项目上下文的位置。支持 Anthropic 式 skill 的会直接读 SKILL.md |
git pull 后重新复制 |
最后一行故意不给具体命令：这类 harness 的加载位置各不相同，本仓库没有逐一验证过。 一条没验证过的安装命令比不给更糟。
| 使用范围 | Codex | Antigravity CLI (agy) |
Claude Code |
|---|---|---|---|
| 当前科研项目 | 项目内 .agents/skills/ |
同左，.agents/skills/ |
项目内 .claude/skills/ |
| 所有本地项目 | $HOME/.agents/skills/ |
$HOME/.gemini/antigravity-cli/skills/ |
$HOME/.claude/skills/ |
个人级安装只需将 SKILL_DEST 设为表中的对应目录。只复制完整的 skills/<skill-name>/，不要仅复制 SKILL.md，也不要再套一层同名目录。安装全部时，对十个名称分别执行同样的复制步骤。更新前保留自己的修改，不要直接覆盖。
路径与发现方式核对于 2026-09-09，参见 Codex 官方说明与 Claude Code 官方说明。其他兼容 runtime 使用其自身的目录与发现机制；本仓库不配置账号或模型服务。
4. 在科研项目中调用
在 research-demo 或您的科研项目中打开 agent，并确认 skill 已出现在可用列表里。Codex CLI / IDE 使用 $skill-name；Claude Code 复制目录安装时是 /skill-name，
按插件安装时是 /open-research-skills:skill-name；Antigravity CLI 会把发现到的 skill
自动编译成斜杠命令。
也可以自然语言明确要求使用该 skill。
例如在 Codex 对话中输入：
$build-scientific-visualizations
根据 methods.md 中的扰动预测方法，画出模型总览和交互模块展开图。
保留训练与推理边界，交付可编辑 PPTX、矢量 PDF 和 SVG。
将第一行替换为 /build-scientific-visualizations 即为显式调用形式；按插件装进 Claude Code 时是
/open-research-skills:build-scientific-visualizations，前缀来自命名空间，也正是它让同名的
个人 skill 与本仓库的那份能共存。这是对话输入，不是 shell 命令。文件名要换成您实际提供的材料；发现不到新 skill 时，先检查目录层级